4月中旬，蔣介石抓緊謀劃組建南京國民黨中央事宜。他與胡漢民、吳稚暉、李石曾、蔡元培、張靜江等開預備會，籌組中央執委會臨時辦公處，並令葉楚傖組織中央秘書處。「通令全國各級黨部，有事可向寧接洽」。於是，寧方中央執委會及中央黨部相繼成立。
中央執行委員會
蔣介石 ，浙江奉化人，蔣派首腦，南京國民政府實際掌控人；
胡漢民 ，廣東番禺人，蔣介石政治盟友，中國國民黨早期領導人及胡派首腦。
陳果夫 ，浙江吳興人，陳其美侄子，蔣介石在黨務方面的代理人。
戴季陶 ，原籍浙江吳興，生於四川廣漢，國民黨理論宣傳家，蔣介石智囊。
黃居素 ，廣東香山人， 孫中山的忠實追隨者。
蕭佛成 ，祖籍閩南，生於暹羅（今泰國）曼谷，中國國民黨元老，與胡漢民關系密切。
鄧澤如 ，廣東江門人，中國國民黨元老，但態度消極， 很少過問政事。
丁惟汾 ，山東日照人，中國國民黨元老，與蔣介石關系密切。
中央監察委員會
鄧澤如、田鵬飛、鄧青陽、高鵬程、鄧新彥、陳鳴鈞、沈誌群
軍人部部長 蔣介石
青年部部長 丁惟汾
農民部部長 黃居素
海外部部長 蕭佛成
組織部部長 陳果夫
工人部部長 戴季陶
宣傳部（宋白恒、張國仁、任中敏等）
清黨委員會
段錫朋 ，江西永新人； 曾養甫 ，廣東平遠人； 冷欣 ，江蘇興化人； 鄭異 ； 鐘天心 ，廣東五華人； 賀揚靈 ，江西永新人； 朱浩懷 ，廣東平遠人； 詹榮 ； 譚學禮
從南京中央的人事安排觀察，它嚴重缺乏政治合法性和正當性。
其一，中央權力結構的人事安排沒有依據黨章規定的法定程式產生 ，而是少數中央執監委的臨時決策，缺少法源依據。
其二，中央監察委員會成員有較大變化，除鄧澤如外，余多為新增監委。原多位中監委有的因寧、漢分裂而難以選邊，心存觀望，有的則在各地組織清黨，因而不足法定人數，只得以新增成員充數。其實，新增監委也未經法定程式產生，而是非法的南京中央徑自決定。
其三，中執會下繼續沿用中政會。南京的中央政治會議自稱接續南昌政治會議，其時，政治會議委員有蔣介石、柏文蔚、張靜江、吳稚暉、甘乃光、陳果夫、胡漢民。4月17日，「政治會議第73次會議決議加推蕭佛成、蔡元培、李石曾、鄧澤如、何應欽、白崇禧、陳可鈺、賀耀組等9人為委員」，嗣後，再相繼增補葉楚傖、古應芬、馮玉祥、閻錫山等為委員。可見，政治會議委員也是隨意增加，缺乏合法性依據。
其四，中央黨部增設「清黨委員會」（下稱「清委會」）。這是捕殺中共和進步人士、制造國共分裂的中央黨務機關，其設立也未經合法程式。但非法的中央「清委會」成立後，各省市紛紛效尤，設立各級「清黨委員會」，在各地殘酷「清黨」。
其五，中央黨部尚缺少商民部和婦女部。當時，主持商民部和婦女部的大員宋子文、何香凝等仍在武漢中央，寧方中央黨部乏人，遂虛位以待。
4月18日，蔣介石與部份中央政要在南京舉行建都慶典。張靜江、柏文蔚、吳稚暉、胡漢民、蔡元培、丁惟汾、李烈鈞、甘乃光等人參與組建南京國民政府，以鈕永建為秘書長，「鈕未到前，由葉楚傖代」。至此，南京方面自行建立了中央黨政權力系統。寧、漢之間不僅是黨務系統分裂，寧方政府系統也正式獨立建制，至於軍隊也選邊站，甚至互為敵手，發生武裝沖突。
